CFX Maestro是一款定量PCR数据处理大师，结合了实时荧光定量PCR技术，集成了PCR数据收集处理、统计学分析和数据可视化等多种功能，可以对单个样本进行计算，也可以生物学组为单位计算相对基因表达，统计结果可直接进行t检验，计算p值，同时也整合了PrimePCR assay，可大大简化引物设计、实验设计和运行设置等。

软件功能

1、数秒内自动完成统计学分析

只需点击几下鼠标，您就可以查看均一化基因表达结果，执行t-检验，或对数据进行单因素方差分析(one-way ANOVA)。

2、高分辨率作图和数据可视化工具

可按需要以柱形图、箱线图、聚类图和火山图等形式显示数据结果，可对图片进行编辑、注释、调整颜色，再以高分辨率导出用于出版发表或演讲展示。

柱形图用标准化均值显示均一化相对基因表达水平，也可对您的数据标注 P 值以提供统计学差异信息。

箱线图形象地展示了数据中值和四分位值信息。

火山图支持快速辨别具有统计学显著表达差异的目标基因。

3、轻松设置实验

CFX Maestro软件可帮助您快速启动数据收集，通过可视化界面设置反应板，利用不同颜色编码重复组，轻松设计包含技术学和生物学重复的实验。反应板设置可在qPCR反应前、运行中甚至完成后进行。

4、快速显现和确认反应板布局。

反应孔可按样品、生物学重复和技术学重复以颜色来区分和编码

5、简化参考基因选择

CFX Maestro软件会计算参考基因稳定值并帮您选择理想的参考基因。

6、自动识别理想的参考基因。

PrimePCR 参考基因反应板分析结果中以绿色显示理想和稳定的参照基因

7、高效的多板数据分析

可合并几十个甚至上百个反应板的所有数据并进行整体的统计学分析，而无需分别导出各板数据并在其他软件中进行合并。

9、合并多板实验用于分析。

聚类图显示来自 15 个反应板的研究数据根据基因表达水平相似性分组的信息。

10、整合PrimePCR™ Assay

简化了qPCR从引物设计、实验设计到运行设置的整个流程。在CFX Maestro软件中拖入一个PrimePCR实验文件会自动导入反应板设置和运行条件信息，并可通过内置对照(阳性对照，RT，gDNA和RNA质控对照)对实验数据进行快速质控。

软件特点

1、可以生物学组为单位计算相对基因表达，也可对单个样本进行计算;

2、基因表达结果图形式多样，可自定义导出，支持简单注释、调整颜色及分辨率等功能，满足不同出版物的发表需求;

3、统计分析无需导出数据至第三方软件，直接进行 t 检验，计算 P 值，同样支持方差分析;

4、结果图中可直接出现“*”号指示统计学上表达差异显著的目标基因;

5、支持多板数据合并分析，可设立板间对照消除实验批次差;

6、整合PrimePCR assay，简化引物设计、实验设计和运行设置;

7、既有用于PC平台的版本，也有用于Mac平台的版本可选。

CFX Maestro安装教程

1.双击exe文件，出现如图界面，需要安装必备的.net程序，单击【install】开始安装

2.如图，正在安装中，时间会有些长，耐心等待

3.安装完成开始主程序的安装，进入安装界面，选择软件的安装文件夹

4.勾选【Accept license agreement】，单击【install】开始安装CFX Maestro

5.等待安装完成即可

使用说明

背景简介：

肌萎缩性脊髓侧索硬化症(amyotrophic lateral sclerosis，ALS)，俗称“渐冻人”，是一种运动神经元疾病，病人表现出因上运动神经元和下运动神经元变性所致的肌无力、肌萎缩等症状。为研究其是否存在细胞自噬的病理，研究者将ALS患者和其他非ALS类型包括包涵体肌炎(inclusion body myositis，IBM，一种慢性炎症性肌病)样本等进行比较。观察ALS病理的一种已知标志物磷酸化TAR DNA结合蛋白43(pTDP-43)以及调节细胞自噬的P62蛋白的特异性表达情况。除用到免疫组化、免疫荧光的方法外，研究人员也对这两种蛋白对应的基因TARDBP 和SQSTM1 进行了qPCR实验分析比较，以下是具体的过程。

样本设置：

ALS样本组——ALS1-ALS5共5个生物学重复;

IBM样本组——IBM1-IBM3共3个生物学重复;

阴性对照组——MSC1-MSC3共3个轻微神经源性肌萎缩样本生物学重复;

空白对照——1个无模板对照

基因设置：

2个目的基因——TARDBP，SQSTM1;

2个参考基因——GAPDH，RPS18;

所用到的染料法引物对均来自于Bio-Rad提供的PrimePCR Assay。

板面布局：

12个样本×4个基因，1个96孔板做2个重复，共做2个96孔板(即2个批次实验，各4个技术学重复)。

数据分析方法：

将TARDBP 和SQSTM1 表达用两个参考基因(GAPDH，RPS18)进行均一化，两组患者分别与对照组进行相对均一化基因表达比较，显著性检验采用非配对t 检验。